Сейчас исключить ИП из реестра без его заявления можно только по решению суда (например, при банкротстве) или в случае, если у иностранного гражданина, являющегося предпринимателем, аннулирован документ на право проживания в РФ (или закончился срок его действия).
После вступления в силу новых поправок в закон 129-ФЗ, ФНС сможет признать ИП недействующим и исключить его из ЕГРИП если к моменту принятия решения одновременно соблюдаются следующие условия:

• истекло пятнадцать месяцев с даты окончания действия патента или индивидуальный предприниматель в течение последних пятнадцати месяцев не представлял документы отчетности, сведения о расчетах, предусмотренные законодательством Российской Федерации о налогах и сборах;
• индивидуальный предприниматель имеет недоимку и задолженность в соответствии с законодательством Российской Федерации о налогах и сборах.

С одной стороны, это хорошие изменения. Поскольку у нас много предпринимателей, которые зачем-то зарегистрировались, деятельности не ведут и отчетность не сдают. А потом удивляются, когда им приходят требования на уплату взносов. Теперь их автоматом исключат и долги капать перестанут.
Но тут есть большая ложка дегтя. Дело в том, что исключенные принудительно из ЕГРИП граждане не смогут зарегистрироваться как ИП в течение 3-х проследующих лет.
Порядок исключения индивидуального предпринимателя из ЕГРИП по решению регистрирующего органа изложен в новой статье 22.4, которая начнет действовать с 1.09.2020 года.